El 28 de abril del 2000, las organizaciones indígenas, campesinas y de colonizadores de los departamentos de Pando, Beni y Santa Cruz se reunieron en la ciudad de Trinidad con el objetivo de suscribir un “manifiesto indígena campesino por la tierra, el territorio y los recursos naturales”, documento en el que hacían conocer al gobierno sus demandas y le otorgaban un plazo de 90 días para resolver favorablemente éstas, caso contrario anunciaron la realización de la tercera marcha.

El 9 de junio se reunieron nuevamente y declararon que “ante la insensibilidad del gobierno frente a los graves problemas de los pueblos y comunidades” el 28 de junio iniciarán la marcha. En esa ocasión presentaron la “plataforma de demandas de la tercera marcha por la tierra, el territorio y los recursos naturales”, compuesta por 31 puntos, entre los que destacan: modificación del reglamento de la Ley INRA, derogación del decreto que convierte en barracas concesiones forestales, titulación inmediata de Tierras Cominutarias de Origen (TCO's) y saneamiento de tierras de comunidades campesinas y de colonizadores.

Participaron de la marcha la Central Indígena de la Región Amazónica de Bolivia (CIRABO), la Federación Sindical Única de Trabajadores Campesinos de Santa Cruz, de Pando y Vaca Diez, la Central Campesina de Guayamerín, la Federación Departamental de Colonizadores de Santa Cruz y la Coordinadora de Pueblos Étnicos de Santa Cruz (CPESC). La marcha partió de Riberalta el 28 de junio del 2000 y llegó a Santa Cruz el 6 de julio.

En Santa Cruz, la CIDOB en acuerdo con las organizaciones indígenas, campesinas y de colonizadores que protagonizaron la marcha, organizaron la Gran Asamblea de los Pueblos Indígenas (GANPI) y el diálogo con el gobierno.

Del 3 al 5 de julio se reunió la GANPI ratificando la plataforma de demandas de la marcha por la tierra, el territorio y los recursos naturales. Los días 6 y 7 el gobierno se hizo presente en la GANPI para negociar y resolver las demandas planteadas por indígenas, campesinos y colonizadores.

La GANPI suscribió un convenio con el gobierno que no convenció a varias de las organizaciones marchistas por que no resolvían sus principales demandas como la titulación de sus territorios, la modificación al reglamento de la Ley INRA y la anulación de concesiones a barraqueras en el norte amazónico. Esto generó una ruptura y los indígenas de la CPESC, al igual que la CIRABO y los delegados del Territorio Indígena y Parque Nacional Isiboro Sécure (TIPNIS) junto al secretario de tierra y territorio de la CIDOB abandonaron las mesas de negociación para continuar la marcha.

La marcha se volvió a detener en la ciudad de Montero el 15 de julio, donde las organizaciones indígenas, campesinas y de colonizadores suscribieron un nuevo acuerdo con el gobierno que dio por finalizada la marcha luego de 15 días de intensa caminata.

Los acuerdos más relevantes a los que se llegan en materia de tierra y territorio fueron los siguientes: modificación del reglamento de la Ley INRA, que exoneraba de la función económico social a las propiedades menores de 500 hectáreas; además, permitía que el gobierno pueda realizar concesiones de tierras fiscales sin saneamiento previo; compromiso de titulación inmediata de las TCOs Monte Verde, Lomerío, Yuracaré y TIM II; el saneamiento de TCOs y tierras indígenas, campesinos y colonizadores; dictación y ejecución de resoluciones de desalojo de los asentamientos ilegales al interior de las TCOs; y provisión de recursos necesarios para financiar el proceso de saneamiento y titulación de TCOs y tierras de comunidades campesinas y de colonizadores.